エミル界のみなさんに見送られながら、クジラ（クトゥルフ）との最終決戦に向かったキャラクターとエミルくん一行。そして、クトゥルフの内部に突入し、クトゥルフを操っていたハスター（悪）を見事倒すことができました。
ハスター（悪）との激闘を終え、エミルくん一行は、次々とクトゥルフの内部から脱出していきます。
エミルくん一行が全て脱出を済ませ、最後にキャラクターが脱出しようとしたところで、倒したはずのハスター（悪）が、ヤケになってクトゥルフと融合し、クトゥルフ・ハスターとして立ちふさがってきました。
退路を絶たれたキャラクターは、クトゥルフ・ハスター相手に戦うことを選びます。これが正真正銘のラスボス戦です。
クトゥルフ・ハスター戦は、ソロ（ユニット戦）での戦闘になります。ユニットが持ちこたえやすくするために、ユニットを回復スキル使用に設定しておきます。
戦闘に突入すると、ハスター（悪）の影が４体出現します。それとともに、地面指定の攻撃スキルが来ます。この地面指定スキルはかなり強力で、巻き込まれるとキャラクター・ユニットともに、大幅にＨＰを削られてしまいます。ブーストを点火するなどして、速やかに範囲外（点滅していない部分）に脱出します。
地面指定スキルを避けながら、しばらく逃げ回っていると、想いの力によってキャラクターのHPが大幅に増えるとともに、ハスター（悪）の影に攻撃が通るようになります。地面指定スキルの範囲外で、ハスター（悪）の影を攻撃していきます。
４体全て倒すと、地面指定スキルが止まるとともに、クトゥルフ・ハスター本体が、新たな取り巻き３体とともに出現します。
クトゥルフ・ハスターが出現したら、まずは、ユニットを３つともMAPの端で待機させます。次に３体いる取り巻きのうち２体を倒し、残り１体をユニットに引き受けさせます。これで、クトゥルフハスターと１対１で戦えるようになります。
クトゥルフ・ハスターは、次のようなスキルで攻撃してきます。
キャラクターを指定して、広範囲にダメージを与えるスキル。これは逃げられないので、ダメージを受けたら、すぐに回復。
コマンドーのセットボムのように、キャラクターに爆弾らしきものを付着させるスキル。小さい青円タイプと、広範囲の淡黄円タイプの２種類があります。移動を続けていれば、振り落とせます。
キャラクターを追尾するように、緑色の正方形が地面を指定していくスキル。
地面指定の超強力攻撃スキル（広範囲の淡黄の正方形）。DFF（％）、MDEF（％）がともに最大の75でも、16,000以上のダメージを受けます。下手すれば１発で倒されかねない。
地面指定スキルを避けつつ、地道にクトゥルフ・ハスターに攻撃を叩き込んでいきます。アナザークロニクル状態になり、アナザースキルを使用すれば、アナザースキルの種類とＬｖにもよりますが、かなりＨＰを削ることができます。
クトゥルフ・ハスター戦の動画です。
Fo/Ca
Ha/So
So/Fo
Jo/Ca
Er/Haw
GuとRoについては、サービス終了日当日で余裕が無かったので、レベル最大を使って、デュアルジョブも110にした状態で戦いました。
Gu/So
Ro/Er
地面指定スキルを避けながら、地道にクトゥルフ・ハスターに攻撃を叩き込み続けることで、ついにクトゥルフ・ハスターを倒すことができました。
クトゥルフ・ハスターを倒したことで、クトゥルフから敵意がなくなります。しかしながら、キャラクターは戦闘で力を使い果たしてしまって、クトゥルフの世界から脱出できなくなってしまった。
エミルドラゴンが、想いの力をクトゥルフに送り込むことを思いつきます。下手すればクトゥルフが回復しかねないですが、その方法に賭けることになります。
エミルドラゴンの呼びかけにより、エミルくん一行など飛空城で待っている一同、さらにアップタウンで待っているエミル世界のみなさんが、想いの力をクトゥルフに送り込みます。その想いの力によって、キャラクターは見事に回復。
ハスター（善）が、ハスター（悪）と話をつけ、善と悪に分かれたハスターが融合して１つに。
融合して１つになったハスターとともに、キャラクターがクトゥルフの中から出てきました。そして、２人を出迎えるみなさん。ここから、ECOのエンディングテーマ「Hello Hello」が流れます。
ハスターは、クトゥルフを連れて、エミル世界を離れることになります。
ハスターを見送った後、飛空城で待っていたみなさん（守護者ドラゴン、ドミニオン、DEM）は、それぞれの帰るべき場所へ戻っていきます。その後で、キャラクターとエミルくん一行も、帰還します。
全てが終わって、アップタウンに帰還した、キャラクターとエミルくん一行。
世界を救った英雄として、アップタウンで待っていた人たちに迎えられます。
これで、ECOのメインストーリーは完結となります。メインストーリーを最後まで終わらせたことで、エミルくんから「クロニクルＢＯＸ」をもらえました。この「クロニクルＢＯＸ」には、120クロニクル防具（物理型・魔法型の選択可）が入っています。
クロニクルＢＯＸを開封（魔法型を選択）し、120クロニクル防具を早速装備させました。
サービス終了までの残り少ない時間は、この120クロニクル防具を身につけて過ごしてました。