５巡目の属性ダンジョンのうち、水属性のオケアーノ大瀑布と、木属性のクローノス大密林 について、通常モードで全フロアをクリアできたので、今度はチャレンジモードで再びこの２つのダンジョンの全エリアをクリアすることでさらにもう１個づつ魔法石の回収を狙います。
チャレンジモードではフレンドがとことん育てた（Lvや進化はもちろん、スキルLvや＋まで）モンスターでチームを組めるものの、リーダースキルが１個しか使えないのはかなりきついものがあります。
エキドナやヤマタノオロチといった、敵モンスターの攻撃を先送りするスキルを持っているモンスターは絶対に外せないです。特にダンジョンの最終フロアのボスの攻撃は強力なので、エキドナやヤマタノオロチのスキルで攻撃を先延ばしにして、ボスに攻撃の順番が回る前にHPを削りきるようにしたいです。それから、ボスや中ボスが複数で出現するフロアもいくつかあるので、３ターン限定で全体攻撃が可能になるスキル「スプレッドキャッツ 」を持つバステト（31バステトでもＯＫ）をチームに入れておきたいです。
チャレンジーモードを選択した際に、チームに入れられるフレンドのモンスターの中に、エキドナ（もしくはヤマタノオロチ）とバステトがともに入っていたら、これらのモンスターを含んだチームを組んでからダンジョンに入場します。ここでチームに入れられるフレンドのモンスターは神タイプが多かったので、HPが80%以上で神タイプの攻撃力を3.5倍にするイザナギをリーダーにしました。
ダンジョンに入場したら、道中で敵モンスターを残り１体にしたときを狙って、チームに入っていない属性のドロップのみを消したり、控えめな攻撃をするなどしてターンを稼いでスキルを溜めるようにします。スキルが使用可能な状態にあるかどうかで、ボス戦の難易度は大きく変わってきます。特に「威嚇」系のスキルと、神タイプの攻撃力を１ターンの間２倍にするイザナギの「創造の息吹」と、バステトの「スプレッドキャッツ 」は必要なときに確実に使えるようにしておきます。スキルが溜まったら、残りの道中については、敵モンスターの攻撃順が来る前に倒すようにして先に進んでいきます。
フロア最後までたどり着いてボス戦に突入したら、「威嚇」系スキルで攻撃を先延ばしし、「スプレッドキャッツで」こちらの攻撃を３ターン限定で全体攻撃化します。その次に、イザナギの「創造の息吹」を使って神タイプの攻撃力を２倍にしてから、最初の攻撃でできるだけドロップを消してボスのＨＰを削るようにします。後は何とか上手くドロップを消して、ボスの攻撃が来る前に、ボスのＨＰを削りきることをめざします。他にもスキルが使える状態であれば、惜しまずに使っていきます。なお、ボス戦で出現する敵モンスターが１体で、その手前の中ボス戦で複数のモンスターが出現する場合は、中ボス戦のほうで「スプレッドキャッツ 」を使うようにします。
こんな感じで、チャレンジモードでもオケアーノ大瀑布とクローノス大密林 の両方のダンジョンについて、残フロアをクリアすることができました。
リーダースキルは１つしか使えないものの、スキルLvが上がっていてスキルが使用できるまでのターン数が短くなっていたなど、フレンドのモンスターがとことん育っていたことで何とかなった感じでした。これでノーマルダンジョンについては、チャレンジモードでの攻略方法が把握できない「聖者の墓－深層－」を除いて、５巡目の木属性ダンジョンまで通常・チャレンジモードの両方でのクリアが済みました